L'urina è il campione più coltivato. L'urina raramente è sterile e viene in genere diluita alla proporzione di 1:1.000 o 1:10.000 prima di essere coltivata per calcolare il numero di CFU/mL In caso di adulto sano la soglia per definire l'infezione urinaria è di 105 CFU/mL. Questa soglia è valida nel caso dei soggetti descritti, ma in altri casi - come ad esempio per pazienti con catetere sovrapubico, in caso di trapiantati renali, pazienti immunodepressi o cateterizzati - la soglia significativa può essere ridotta a sole 103 CFU/mL Pertanto la diluizione delle urine prima dell'esame colturale deve tenere conto del paziente dal quale l'urina proviene, cosa che purtroppo non avviene quasi mai, poichè l'esame delle urine viene considerato il più semplice dei test microbiologici e il campione è facile da produrre ed ottenere.
Pertanto, in casi selezionati, la diluizione può andare da 1:10 a 1:1000. Inoltre spesso si hanno colture con più patogeni (due o tre, o addirittura in numero superiore: in questi casi il laboratorio assume che si tratti di contaminazione al momento del prelievo (cosa peraltro molto frequente).
Tale assunzione è corretta nella stragrande maggioranza dei casi; però in caso di pazienti con stent urinari interni o dispositivi in plastica esterni, o in pazienti operati di ureterostomia o nefrostomia, si deve tener conto della possibilità che ci siano più germi patogeni. In sintesi, il clinico deve fornire al laboratorio una serie di informazioni sul paziente dal quale le urine sono state prelevate, per adeguare la scelta e l'interpretazione degli esami. Le urine vengono prelevate dal mitto intermedio, dopo accurata pulizia dei genitali. Per i pazienti cateterizzati esse sono prelevate dal tubo, dopo clampaggio per alcuni minuti, con ago e siringa sterili, dopo aver disinfettato l'esterno del tubo. L'esame del sedimento contestuale all'urinocoltura può essere molto utile, perchè permette di rilevare la presenza dei globuli bianchi, oltre a emazie, cilindri, cristalli, lieviti e batteri. Bisogna ricordare che la batteriuria asintomatica e/o con sedimento urinario normale non deve essere trattata, tranne che nelle gravide. Le urine devono essere seminate in agar MacConkey (i patogeni più frequenti sono i gram-negativi) un terreno per lieviti, che deve essere incubato per almeno 48 ore un terreno per stafilococchi (S. saprophyticus è una causa frequente di cistite), un terreno per enterocchi (KFS-agar) un terreno di arricchimento come agar-cioccolato. In alcuni casi si hanno anche batteri considerati "contaminanti", come i corinebatteri: la specie C ureolyticum provoca, nell'urina divenuta alcalina appunto per l'azione urealitica del germe, la formazione di cristalli con loro deposito sulle pareti della vescica, formando una "vescica cristallizzata" (enausted cystitis). Questa cristallizzazione delle vie urinarie può determinare la perdita dell'organo nei trapiantati renali.
Tali corinebatteri sono in genere multi-drug-resistant (MDR) e solo i glicopeptidi o il linezolid sono antibiotici utilizzabili in queste infezioni urinarie. In caso di uretrite o prostatite si consiglia il test di Meares o "dei tre bicchieri": si preleva il primo getto (che risulterà positivo in caso di infezione uretrale), poi si getta un pò di urina e si raccoglie il secondo mitto, considerato indicativo dell'ambiente della vescica; in caso di prostatite, si procede quindi al massaggio prostatico, si invita il paziente a tenere un contenitore di fronte all'uretra (in caso di fuoriuscita di liquido presumibilmente prostatico) e poi si ottiene il terzo mitto, in cui presumibilmente si dovrebbero trovare i patogeni di origine prostatica. Nelle urine, in caso di prostatite, può essere utile ricercare anche il DNA di Chlamydia con tecniche di amplificazione genica.In caso di uretrite e/o prostatite può essere utile eseguire tamponi uretrali per la ricerca di clamidia o di micoplasma/ureaplasma.
La ricerca di clamidia si effettua con metodi d amplificazione genica e pertanto il campione può essere prelevato senza terreni di trasporto. Spesso però la clamidia è contenuta nelle cellule uretrali, e pertanto il tampone deve essere in grado di raccogliere cellule di sfasamento dell'epitelio uretrale: queste, soprattutto nel caso che il paziente abbia urinato da poco, si possono anche non ottenere e una tale inadeguatezza del campione può produrre falsi negativi.
Si consiglia pertanto d effettuare il tampone in pazienti che non abbiano urinato da almeno 5 ore.
Le punte dei cateteri vascolari devono essere ottenute in modo sterile e tagliate dentro un contenitore sterile. Bisogna tener conto che le piastre di coltura hanno un diametro di 5 cm e che pertanto le punte devono avere idealmente una lunghezza inferiore ai 5 cm. In laboratorio la punta viene prelevata sterilmente e rollata sulla superficie dell'agar. Vengono considerate positive le colture che hanno un numero di CPU >15 (tecnica di Maki). Alcuni Autori preferiscono incannulare la punta con una siringa e lavarla con del brodo: ir questo modo si asportano più microrganismi, e pertanto la soglia di significatività viene innalzata a 100 CFU/mL In centri dove si estraggono per via transvenosa i pace-maker o i defibrillatori a permanenza, si possono coltivare le punte rollandole sulle piastre di coltura. Si consiglia di incubare a lungo le piastre anche in condizioni di anaerobiosi, allo scopo di favorire la crescita anche di germi difficili come Propionibacterium spp. e Corynebacterium spp. Infatti, nella nostra esperienza di colture di oltre 1.000 PM ed ICD a Pisa, negli ultimi 10 anni questi due generi rappresentano il 5% e, rispettivamente, ancora un altro 5% dei germi isolati